Luật tín ngưỡng, tôn giáo ra đời có ý nghĩa vô cùng quan trọng, thể chế hóa quan điểm của Đảng và Hiến pháp năm 2013 nhằm bảo đảm quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo của mọi người dân, khắc phục những bất cập, tồn tại của pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo hiện hành; tiếp tục hoàn thiện hệ thống pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo để đảm bảo hơn nữa quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo,… Đặc biệt, Luật tín ngưỡng, tôn giáo còn thể hiện tinh thần đổi mới về cơ chế quản lý nhà nước nhằm tạo sự thông thoáng, minh bạch, tạo cơ chế pháp lý nhằm tôn trọng, bảo hộ, bảo đảm quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo của mọi người; đáp ứng yêu cầu quản lý nhà nước, cải cách hành chính trong thời kỳ mới.
Nội dung cải cách hành chính và thủ tục hành chính trong Luật tín ngưỡng, tôn giáo là:
Thứ nhất, phân cấp thẩm quyền trong thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo.
Ở Trung ương, một số nội dung thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ nay được phân cấp xuống cho cơ quan quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo ở Trung ương. Theo quy định của Pháp lệnh tín ngưỡng tôn giáo năm 2004, một số nội dung thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ như: công nhận tổ chức tôn giáo, thành lập, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất tổ chức tôn giáo trực thuộc có phạm vi hoạt động ở nhiều tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; thành lập trường đào tạo những người chuyên hoạt động tôn giáo; tiếp nhận thông báo giải thể trường đào tạo những người chuyên hoạt động tôn giáo. Theo Luật tín ngưỡng, tôn giáo thì các nội dung công việc này được giao cho cơ quan quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo ở Trung ương (nay là Bộ Nội vụ (Ban Tôn giáo Chính phủ)) có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ và trả lời các tổ chức tôn giáo.
Việc thay đổi này sẽ giảm tải công việc cho Thủ tướng Chính phủ, tăng thẩm quyền cho cơ quan chịu trách nhiệm trước Chính phủ trong việc tham mưu quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo cũng như giúp cho việc thực hiện các thủ tục hành chính nhanh gọn, thuận lợi hơn cho các tổ chức khi họ có nhu cầu.
Ở địa phương, Luật tín ngưỡng, tôn giáo đã quy định thêm 01 chủ thể có thẩm quyền giải quyết hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo là Cơ quan chuyên môn về tín ngưỡng, tôn giáo cấp tỉnh; nâng số chủ thể có thẩm quyền giải quyết hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo ở địa phương thành 04, gồm: Ủy ban nhân dân cấp tỉnh; Cơ quan chuyên môn về tín ngưỡng, tôn giáo cấp tỉnh (hiện nay là Sở Nội vụ (Ban Tôn giáo) tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương), Ủy ban nhân dân cấp huyện và Ủy ban nhân dân cấp xã.
Những quy định này tạo sự chủ động trong việc thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo của các cơ quan có thẩm quyền.
Thứ hai, Phân định trách nhiệm của các cơ quan nhà nước đối với lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo.
Luật quy định cụ thể trách nhiệm, thẩm quyền của Chính phủ, bộ, ngành, Ủy ban nhân dân, cơ quan quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo các cấp trong hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo, Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể trong việc tập hợp đồng bào có tín ngưỡng, tôn giáo và đồng bào không có tín ngưỡng, tôn giáo trong khối đại đoàn kết toàn dân tộc, góp phần xây dựng và bảo vệ Tổ quốc. Bên cạnh đó, Luật cũng có các quy định về nghĩa vụ của tổ chức, cá nhân trong thực hiện quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo.
Thứ ba, Đơn giản hóa thủ tục hành chính về tín ngưỡng, tôn giáo.
Đã thay đổi hình thức thực hiện một số thủ tục hành chính từ đăng ký sang thông báo.
Luật tín ngưỡng, tôn giáo quy định một số nội dung hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo thay vì đăng ký, chỉ cần thông báo đến cơ quan nhà nước có thẩm quyền biết để các cơ quan này có trách nhiệm phối hợp với các tổ chức tôn giáo, tổ chức tôn giáo trực thuộc nhằm đảm bảo an ninh, trật tự, an toàn, vệ sinh môi trường cho các hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo diễn ra.
Đối với một số hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo, người đại diện cơ sở tín ngưỡng, tổ chức tôn giáo, tổ chức tôn giáo trực thuộc có trách nhiệm thông báo đến cơ quan nhà nước có thẩm quyền để biết, như: thông báo lễ hội định kỳ; thông báo về khoản thu, mục đích sử dụng khoản thu từ việc tổ chức lễ hội tín ngưỡng; thông báo hoạt động của cơ sở đào tạo; thông báo người được phong phẩm hoặc suy cử; thông báo thuyên chuyển chức sắc, chức việc, nhà tu hành; thông báo cách chức, bãi nhiệm chức sắc, chức việc; thông báo hội nghị thường niên,…
Đối với việc đăng ký hoạt động tín ngưỡng hằng năm của cơ sở tín ngưỡng, theo quy định tại Nghị định số 92/2012/NĐ-CP ngày 18/11/2012 của Chính phủ quy định chi tiết và biện pháp thi hành Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo thì hàng năm trước ngày 15/10, cơ sở tín ngưỡng phải gửi bản thông báo dự kiến hoạt động tín ngưỡng diễn ra vào năm sau tới Ủy ban nhân dân cấp xã nơi có cơ sở tín ngưỡng. Tuy nhiên, Luật tín ngưỡng, tôn giáo quy định chỉ đăng ký lần đầu đối với hoạt động tín ngưỡng, trừ trường hợp quy định tại Điều 14 của Luật, các hoạt động tín ngưỡng không có trong văn bản đăng ký đã được chấp thuận thì phải đăng ký bổ sung.
Các lễ hội tín ngưỡng diễn ra lần đầu, lễ hội tín ngưỡng được khôi phục lại hoặc lễ hội tín ngưỡng định kỳ nhưng có thay đổi thay vì phải xin phép, nay chỉ phải đăng ký với cơ quan có thẩm quyền.
Đối với sinh hoạt tôn giáo tập trung, việc đăng ký sinh hoạt tôn giáo tập trung nhằm đảm bảo quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo của mọi người chứ không được xem là một bước để tiến tới đăng ký hoạt động tôn giáo, công nhận tổ chức tôn giáo.
Đây là những quy định phù hợp với xu hướng hiện nay, nhằm nâng cao tính tự giác và trách nhiệm của tổ chức, cá nhân trong hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo.
Thứ tư, Rút ngắn thời hạn giải quyết một số thủ tục hành chính.
Luật tín ngưỡng, tôn giáo quy định khi tổ chức đáp ứng đủ các điều kiện Luật định thì có thể gửi hồ sơ đăng ký hoạt động tôn giáo đến cơ quan nhà nước có thẩm quyền để được cấp chứng nhận mà không phải đợi 20 năm kể từ khi được chấp thuận sinh hoạt tôn giáo tập trung như Pháp lệnh đã quy định.
Pháp lệnh quy định tổng thời gian kể từ khi được Ủy ban nhân dân cấp xã chấp thuận sinh hoạt tôn giáo đến đăng ký hoạt động tôn giáo và cuối cùng là công nhận tổ chức tôn giáo là 23 năm.
Theo quy định của Luật, thời gian công nhận tổ chức tôn giáo được tính từ khi tổ chức được cấp chứng nhận đăng ký hoạt động tôn giáo ổn định, liên tục từ đủ 05 năm trở lên.
Như vậy, thời gian được tính để công nhận là tổ chức tôn giáo giảm từ 23 năm xuống còn 05 năm trở lên. Đây là một quy định thuận lợi cho các tổ chức khi đề nghị công nhận tổ chức tôn giáo.
Thứ năm, Giảm các quy định xin, cho, bổ sung các quy định thông báo.
Luật đã giảm các quy định xin, cho, bổ sung các quy định thông báo như: thông báo người được phong phẩm hoặc suy cử làm chức sắc; thông báo thuyên chuyển chức sắc, chức việc, nhà tu hành; thông báo cách chức, bãi nhiệm chức sắc, chức việc; thông báo hoạt động của cơ sở đào tạo tôn giáo; thông báo kết quả đào tạo của từng khóa học của cơ sở đào tạo tôn giáo; thông báo mở lớp bồi dưỡng về tôn giáo cho những người không chuyên hoạt động tôn giáo; thông báo danh mục hoạt động tôn giáo; thông báo hội nghị thường niên.
Đây là những quy định nhằm hạn chế sự can thiệp của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền vào công việc nội bộ của tổ chức tôn giáo, tăng trách nhiệm của tổ chức, cá nhân khi tham gia các hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo.
Với những nội dung quy định mới về cải cách hành chính trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo nêu trên, Luật tín ngưỡng, tôn giáo triển khai thực hiện đã đem lại những hiệu quả thiết thực, tạo điều kiện cho các cơ quan nhà nước có thẩm quyền thực hiện nhiệm vụ được rõ ràng, không bị chồng chéo về mặt thẩm quyền; đồng thời tạo điều kiện thuận lợi cho tổ chức, cá nhân tôn giáo trong quá trình thực hiện hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo; góp phần nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo trong thời kỳ mới.