Cơ cấu tổ chức của các Hội thánh Tin lành được Nhà nước cấp đăng ký hoạt động tôn giáo đều có 2 (hai) cấp: Chi hội (Hội thánh cơ sở) và Tổng hội (hoặc Tổng Liên hội). Trong đó, chi hội là cấp cơ sở của giáo hội. Tổng hội là cấp Trung ương của giáo hội bao gồm tất cả chi hội trực thuộc Tổng hội chiếu theo Hiến chương hoặc Điều lệ.
Chi hội (Hội thánh cơ sở), là tổ chức tôn giáo cơ sở trực thuộc của các tổ chức Tin lành, còn được gọi là hội thánh địa phương hay hội thánh cơ sở. Có hai loại chi hội: chi hội tự lập có hơn 100 tín đồ trở lên và tự lập về tài chính; chi hội tự dưỡng có dưới 100 tín đồ và chưa tự lập về tài chính.
Hội nhánh, là đơn vị nhỏ hơn chi hội, trực thuộc chi hội hoặc Tổng hội hoặc Tổng Liên hội. Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam) quy định: điểm nhóm có từ 20 tín hữu trở lên và được một chi hội chịu trách nhiệm thì gọi là hội nhánh.
Điểm nhóm, được dùng để chỉ một cộng đồng người có cùng đức tin tôn giáo, tập hợp với nhau để sinh hoạt đạo tại một địa điểm (có thể ở nhà riêng hoặc nơi công cộng), chưa đủ tiêu chí để trở thành hội nhánh hoặc chi hội. Điểm nhóm thường hình thành theo địa bàn thôn (ấp) hoặc xã, phường.
Khi hội nhánh, điểm nhóm hội đủ các tiêu chí theo Hiến chương (Điều lệ) của giáo hội và quy định của pháp luật, sẽ trở thành chi hội của các tổ chức, hệ phái Tin lành.
Sinh hoạt tôn giáo của hội thánh và điểm nhóm Tin lành tương tự như sinh hoạt của chi hội với các nội dung: thờ phượng, hát Thánh ca, học Kinh thánh, cầu nguyện, sinh hoạt các ban ngành, sinh hoạt xã hội,…
Quản nhiệm (chủ tọa) chi hội Tin lành là mục sư, mục sư nhiệm chức hoặc truyền đạo. Quản nhiệm có trách nhiệm lãnh đạo Hội thánh, giảng dạy Kinh thánh, thực hiện các lễ nghi, hướng dẫn các ban ngành và các Hội đồng của chi hội.
Ban chấp sự chi hội Tin lành gồm các tín hữu chính thức được bầu chọn trong các Hội đồng thường niên của chi hội, mỗi nhiệm kỳ là 2 năm, không phân biệt nam hay nữ để cùng Ban trị sự và quản nhiệm lo điều hành chi hội. Chấp sự có trách nhiệm tham gia công tác truyền giảng, chứng đạo, thăm viếng, chăm sóc tín đồ và phụ lễ các chương trình thờ phượng.
Ban trị sự chi hội là thường trực của Ban chấp sự, được Ban chấp sự bầu cử bằng phiếu kín. Thành phần Ban chấp sự gồm: quản nhiệm chi hội, thư ký, thủ quỹ và các ủy viên. Thành viên ban trị sự hiệp với quản nhiệm điều hành chi hội về mặt hành chính.
Các ban trong chi hội Tin lành, tùy mức độ phát triển, mỗi Hội thánh có các ban như: Cơ đốc giáo dục, truyền giáo, trung tráng niên, thanh thiếu niên, thiếu nhi, nhi đồng, tương tế, xã hội,… Các thành viên Ban trị sự và chấp sự có trách nhiệm hướng dẫn các ban nói trên để giúp chi hội phát triển. Ngoài ra trong chi hội còn có Ban nghi lễ để tổ chức các lễ hội trong chi hội cũng như sinh hoạt trong các gia đình tín đồ như: thành hôn, tang lễ, các dịp cảm tạ, sinh nhật…
Như vậy, đạo Tin lành là tôn giáo có đường hướng và phương thức hoạt động rất năng động, luôn đổi mới từ nội dung đến hình thức để thích nghi với hoàn cảnh xã hội. Đặc biệt, đạo Tin lành tham gia tích cực vào các hoạt động xã hội, nhất là lĩnh vực từ thiện nhân đạo, lấy đó làm phương tiện mở rộng ảnh hưởng. Điều này tạo ra uy tín và khả năng tiếp cận, truyền giáo và chung sống với nhiều chế độ chính trị khác nhau.